API Reference

• coloc module
  • OvsE_coloc_test()
  • cellCatContained()
  • colocNW()
  • diffColoc_test()
  • getColocProbs()
  • reshapeColoc()
  • spatialCTPlot()
  • spatialNichePlot()
  • spatialSingleCTPlot()
• comm module
  • calculate_LR_CT_pair_scores_dir()
  • catNW()
  • cellCatContained()
  • diffCcommStats()
  • equalizeScoresTables()
  • getDiffComm()
  • lr_ctPairScores_perCat_dir()
  • plotDiffCcommStatsHM()
  • unique()
• tl module
  • PIC_BGdoubletsOEratios()
  • assign_properties()
  • cellCatContained()
  • cells_niche_colors()
  • getColocFilter()
  • getExpectedColocProbsFromSCs()
  • get_pairCatDFdir()
  • get_spot_ct_props()
  • processCTKRoutput()
  • pval_filtered_HMdf()
  • unique()